Yoshino Takigawa, um adolescente comum, está namorando secretamente a irmã mais nova de seu melhor amigo Mahiro Fuwa, Aika. Mas quando Aika morre misteriosamente, Mahiro desaparece, prometendo encontrar o responsável e fazê-lo pagar pelo assassinato de sua amada irmã. Yoshino continua sua vida normalmente e não tem notícias de Mahiro há um mês - até que ele é confrontado por uma garota estranha que o mantém sob a mira de uma arma, e seu melhor amigo chega a tempo de salvá-lo. Yoshino descobre que Mahiro pediu a ajuda de uma bruxa chamada Hakaze Kusaribe para encontrar o assassino de Aika. No entanto, a bruxa foi banida para uma ilha deserta devido a lutas internas dentro de seu clã. O irmão de Hakaze, Samon, deseja egoisticamente fazer uso do poder da Árvore do Êxodo, apesar da oposição de sua irmã e do perigo iminente para o mundo. Com Hakaze fora de cena, cabe agora a Yoshino e Mahiro ajudá-la a salvar o mundo, ao mesmo tempo em que se aproximam cada vez mais da verdade por trás da morte de Aika.