Um dia, o sol vermelho brilhante parou de brilhar, causando o "Fenômeno do Colapso" - a destruição da cidade de Arata Kasuga e o desaparecimento das pessoas que a habitavam. Contudo, nem tudo ainda está perdido; ao utilizar o grimório mágico dado a ele por seu amigo de infância e primo Hijiri Kasuga, o mundo de Arata é reconstruído artificialmente. Para investigar o fenômeno, Lilith Asami aparece diante de Arata, cujo mundo artificial se desintegra repentinamente. Ele tem duas opções: entregar o livro ou morrer. No entanto, Arata escolhe a terceira opção: matricular-se na ultrassecreta escola de magia Royal Biblia Academy, onde outros seis usuários mágicos o aguardam. Junto com Lilith, esses seis formam o Trinity Seven, a elite da escola, cada um reforçando seu próprio poder e habilidade. Com a ambição de salvar Hijiri e a ajuda de seus novos amigos, Arata não para por nada para evitar a destruição de sua amada cidade natal e trazer seu melhor amigo de volta.