A magia Onmyoudou já foi uma técnica poderosa usada pelos japoneses durante a Segunda Guerra Mundial para que eles ganhassem vantagem e estabelecessem sua nação como uma força formidável. Mas o Japão foi rapidamente derrotado depois que o reverenciado onmyouji Yakou Tsuchimikado causou o “Grande Desastre Espiritual”, um evento que assola Tóquio até hoje. Como resultado deste acidente, a Agência Onmyou foi criada para exorcizar novos desastres espirituais e combater os demônios que invadiriam o mundo. Agora, Onmyoudou tornou-se muito mais moderno, simplificado e refinado para uso em uma ampla variedade de aplicações, como medicina e tecnologia. Porém, nem todos são capazes de utilizar a magia, como é o caso de Harutora, um membro do ramo da família Tsuchimikado. Apesar de uma antiga promessa de proteger Natsume, o herdeiro da família principal de Tsuchimikado e suposta reencarnação de Yakou, como seu familiar, Harutora não tem talento e opta por viver uma vida normal. Mas quando um membro proeminente da Agência Onmyou tenta recriar a mesma experiência que levou à queda do Japão, ele decide cumprir a sua palavra e lutar ao lado de Natsume.