Dois anos se passaram desde o ataque do CCG a Anteiku. Embora a atmosfera em Tóquio tenha mudado drasticamente devido ao aumento da influência do CCG, os ghouls continuam a representar um problema, pois começaram a tomar cuidado, especialmente a organização terrorista Aogiri Tree, que reconhece a crescente ameaça do CCG à sua existência. A criação de uma equipe especial, conhecida como Esquadrão Quinx, pode fornecer ao CCG o impulso necessário para exterminar os residentes indesejados de Tóquio. Como humanos que foram submetidos a cirurgias para utilizar as habilidades especiais dos carniçais, eles participam de operações para erradicar as criaturas perigosas. O líder deste grupo, Haise Sasaki, é um meio-carniçal, meio-humano que foi treinado pelo famoso investigador de classe especial, Kishou Arima. No entanto, há mais neste jovem do que aparenta, à medida que memórias desconhecidas invadem sua mente, lentamente lembrando-o da pessoa que ele costumava ser.