Academy City está na vanguarda do progresso científico e tecnológico, mais conhecida pelo desenvolvimento de espers: aqueles capazes de exercer habilidades sobre-humanas que alteram as regras da realidade. Os mais poderosos entre eles são os de nível 5, e aquele conhecido como Acelerador reina supremo, mesmo depois de ter sido enfraquecido por uma grave lesão cerebral. Ao seu lado está a jovem conhecida como Última Ordem, que apesar de seu comportamento frio, ele mantém de perto e jura proteger a todo custo. Embora Accelerator possa estar se recuperando de sua lesão, o lado negro da Academy City nunca descansa, e então ele se vê involuntariamente envolvido no meio de um novo conflito. Quando uma jovem misteriosa se aproxima do Accelerator em busca da Última Ordem, o esper mais bem classificado é confrontado por uma organização venenosa que se enraizou na Anti-Skill, a organização de manutenção da paz da Cidade Acadêmica. Com forças perigosas em movimento que ameaçam colocar Last Order e suas irmãs em risco, a autoproclamada vilã se prepara para entrar na escuridão mais uma vez.