Em um mundo atormentado por perigos e ameaças mágicas, existem guerreiros especiais – conhecidos como Inquisidores – que têm a tarefa de prevenir de forma não violenta essas ameaças e ações nefastas. A Academia Antimagia é uma escola especializada construída para educar e treinar esses Inquisidores, que divide seus alunos em pequenos esquadrões para treiná-los para trabalharem juntos. Entre esses esquadrões talentosos está o 35º Pelotão de Teste, também conhecido como "Pelotão de Fritos Pequenos" devido à sua baixa classificação e membros incompetentes. No entanto, tudo muda quando Ouka Ootori, uma ex-inquisidora poderosa, mas rebelde, é forçada a aderir devido à sua tendência de quebrar regras e cometer uma violação grave: o assassinato de uma bruxa. Os ânimos explodem quando ela chega, quando ela entra em conflito com o desajeitado capitão Takeru Kusanagi e discute com o resto do esquadrão sobre suas opiniões sobre as bruxas. Este grupo eclético tem um longo caminho a percorrer se quiser ter sucesso e subir na hierarquia da Academia Anti-Magia: primeiro eles devem deixar de lado suas diferenças e trabalhar juntos como uma equipe.