Num futuro próximo, o clima mundial mudou, criando no Pacífico Ocidental um superciclone perpétuo: o Grand Roar que alterou a Terra, inundando a maioria dos países. O transporte marítimo e a navegação tornaram-se importantes para as nações e, após o aparecimento dos piratas oceânicos, as empresas necessitaram de contratar cruzadores de escolta para salvaguardar os seus investimentos. Hyousuke Nagimiya é um engenheiro de sistemas contratado para atualizar o Pascal Magi tripulado por uma tripulação inteira de mulheres com sua capitã, Misaki Nanaha. Juntos, a tripulação se esforça para provar aos seus detratores que não é uma mera 'Alice Brand'. No entanto, à medida que cumprem a sua missão, uma conspiração global maior parece estar a funcionar nos bastidores para tirar partido desta nova ordem mundial.