Seis meses se passaram desde a vitoriosa Batalha da Britânia e a recuperação da Gália dos invasores Neuroi. Yoshika Miyafuji, membro do famoso 501st Joint Fighter Wing, voltou para casa em Fuso e se formou no ensino médio. No entanto, sua luta está longe de terminar. Ela recebe uma carta supostamente enviada por seu falecido pai, contendo plantas de uma Unidade de Ataque de última geração na qual ele trabalhava antes de sua morte. A Unidade, projetada especificamente para Yoshika, pode ser capaz de aproveitar seus extraordinários poderes mágicos. Entretanto, surge uma nova ameaça na Europa. Um ninho Neuroi de tamanho e poder sem precedentes apareceu sobre Veneza, destruindo as forças bruxas locais e engolindo instantaneamente a parte norte do país. Para piorar a situação, um tipo humanóide de Neuroi recém-descoberto está tentando entrar em contato com humanos. Yoshika, incapaz de abandonar seus amigos na linha de frente, deve mais uma vez se aventurar no continente devastado pela guerra.