Um dia, depois da escola, o estudante do primeiro ano do ensino médio Yomogi Asanaka se depara com um homem faminto debaixo de uma ponte. Apresentando-se como Gauma, o estranho andarilho informa a Yomogi que ele é um “usuário de kaiju”, uma pessoa que lida com os “kaiju” – monstros que causam danos à cidade e aos seus cidadãos. Na noite seguinte, Yomogi encontra Gauma e sua colega Yume Minami. Simultaneamente, um kaiju aparece em uma área povoada da cidade. Devido à falta de experiência de Gauma no controle de kaiju, ele tira um objeto misterioso de uma bolsa brilhante, invocando um robô gigante conhecido como Dynazenon. Exigindo a cooperação de quatro pessoas, o mecha arrasta Gauma, Yomogi, Minami e Koyomi Yamanaka – um homem desempregado que vagava pela rua – para sua cabine. Seu encontro com o kaiju marca o início de seu envolvimento com os eugenistas de kaiju – usuários de kaiju que manipulam o kaiju com más intenções – e seus esforços para trazer à tona todo o potencial do Dynazenon.