Após a morte repentina de sua mãe, o estudante do ensino fundamental Chihiro Komiya fica sem casa e sem família. Mas isso muda quando ele encontra um estranho rico e frívolo que acaba por ser seu tio há muito perdido, Madoka Takatori. Madoka se oferece para acolher Chihiro, mas ao chegar na mansão de luxo de seu tio, o menino é saudado por uma infinidade de poeira e lixo. À medida que os instintos de limpeza de Chihiro entram em ação, ele começa a limpar toda a residência. Shounen Maid é uma comédia alegre que acompanha Chihiro enquanto ele se vê vestido com um uniforme cheio de babados (feito à mão por seu tio), recebendo um salário e trabalhando como empregada doméstica.