Na cidade de Kamisu 66, Saki Watanabe, de 12 anos, acaba de despertar para seus poderes psíquicos e fica aliviada ao se reunir com seus amigos - o travesso Satoru Asahina, o tímido Mamoru Itou, a alegre Maria Akizuki e Shun Aonuma, um misterioso garoto que Saki admira - na Sage Academy, uma escola especial para médiuns. No entanto, o desconforto surge quando Saki começa a questionar o destino daqueles que não conseguem despertar para seus poderes, e as crianças começam a se envolver com assuntos secretos, como os rumores de que os Tainted Cats sequestram crianças. Shinsekai yoriconta a história única da maioridade de Saki e seus amigos enquanto eles viajam para desenvolver seus papéis na suposta utopia. Aceitar estes papéis, no entanto, pode não ser fácil quando confrontados com as verdades sombrias e chocantes da sociedade e com a destruição iminente nascida do novo mundo.