A história gira em torno de Maya, filha do ex-diretor da Academia Waldstein, e do agente de viagens no tempo Fumiaki Uchida. No ano de 2012, o mundo foi invadido por alienígenas e os viajantes do tempo foram enviados de volta ao ano de 1999 para encontrar e destruir a Chave de Nostradamus, que a Profecia de Nostradamus previu como o que provocaria o apocalipse. A série então volta para o ano de 1999, onde Maya retorna à Academia com a intenção de destruir a Academia, substituindo a posição de seu falecido pai como diretor. Seu plano foi interrompido quando ela conhece Fumiaki e fica sabendo da destruição que se aproxima. Apesar de desconfiarem de Fumiaki, eles fazem um pacto para procurar a Chave de Nostradamus. Para encontrar a Chave de Nostradamus, os agentes do tempo receberam telefones celulares especialmente criados. Quando um usuário encontra um objeto de interesse, pensando em destruí-lo e tirar uma foto, e se a imagem resultante for a de um mundo pacífico, então o assunto é a Chave de Nostradamus. Por outro lado, se o assunto não for a Chave de Nostradamus, a foto exibirá destruição. Usando o telefone, Maya e Fumiaki investigam ocorrências ocultas à medida que ocorrem na cidade.