O “Labirinto” é um amplo espaço subterrâneo onde os humanos vivem em aglomerados conhecidos como “colônias”. Ao longo dos anos, a superfície tornou-se uma memória distante – talvez apenas uma fantasia para aqueles que nunca experimentaram as suas maravilhas. Garantindo que a humanidade sobreviva às duras condições do subsolo, os cidadãos de uma colónia podem assumir uma variedade de trabalhos especializados. Isso inclui “Trabalhadores”, que extraem minério precioso para abastecer as colônias, e “Marcadores”, que viajam pelo ambiente surpreendentemente exuberante do Labirinto para trazer informações que facilitam a navegação. No entanto, a humanidade também enfrenta uma ameaça à sua existência - criaturas chamadas "kaijuu", cujos tamanhos variam de uma criança pequena a um edifício enorme, e são hostis a qualquer humano que vejam. Além disso, kaijuu grandes o suficiente podem forçar a entrada nas colônias, aumentando ainda mais seu nível de ameaça. Memenpu é uma estudante universitária de nove anos cujas invenções beneficiaram enormemente os trabalhadores de sua colônia local. Recentemente, porém, ela tem sonhado com um lugar com um teto sem fim, não limitado por rochas. Essas aspirações alimentam seu desejo de se tornar uma Marcadora e explorar o vasto desconhecido do Labirinto em busca de um lugar tão fantástico. Apesar da discordância veemente de seu pai, Gagumber, um certo incidente com o kaijuu dá início a uma aventura perigosa, mas emocionante, que certamente alterará o curso da humanidade para sempre.