O Império Alzano abriga uma das escolas de magia mais distintas do mundo: a Academia Imperial de Magia Alzano. Aqui, jovens estudantes ambiciosos passam por treinamento para se tornarem mágicos competentes. Sistine Fibel – uma garota nobre e severa – e sua melhor amiga de olhos brilhantes, Rumia Tingel, frequentam a Academia, determinadas a cultivar suas habilidades mágicas. No entanto, o mundo deles fica confuso quando seu professor favorito se aposenta repentinamente e o enigmático Glenn Radars o substitui. Sua atitude preguiçosa e indiferente em relação à vida e à magia rapidamente o coloca em desacordo com sua classe. Além do mais, forças nefastas escondidas dentro dos muros do império começam a se tornar ativas, e Sistine, Rumia e Glenn se vêem envolvidos em seus esquemas. Rokudenashi Majutsu Koushi para Registros Akáshicossegue Sistine, que é cativada por um misterioso Sky Castle flutuante; Rumia, que é assombrada por um passado conturbado; e Glenn, que pode ser mais do que aparenta. Embora completamente diferentes na superfície, eles estão inexplicavelmente unidos por um fio do destino.