Em um novo dia na região de Kanto, Satoshi é convidado pelo professor Yukinari Ookido para a cerimônia de abertura do laboratório do professor Sakuragi na cidade de Vermillion. Durante o discurso cerimonial, o professor Sakuragi recebe um alerta de um Pokémon possivelmente raro aparecendo no porto da cidade de Vermillion, levando Satoshi e os outros treinadores a correr para a área na esperança de encontrar o misterioso Pokémon. No porto, eles encontram Lugia - um Pokémon Lendário - em combate com outros treinadores.