Com o aparecimento de um vírus misterioso que mata todas as pessoas com mais de 13 anos, a humanidade torna-se escravizada por vampiros anteriormente escondidos e sedentos de poder que surgem para subjugar a sociedade com a promessa de proteger os sobreviventes, em troca de doações do seu sangue. Entre esses sobreviventes estão Yuuichirou e Mikaela Hyakuya, dois meninos que foram levados cativos de um orfanato, junto com outras crianças que consideram da família. Descontente por ser tratada como gado sob o reinado cruel dos vampiros, Mikaela traça um plano de fuga rebelde que está fadado ao fracasso. O único sobrevivente do outro lado é Yuuichirou, encontrado pela Moon Demon Company, uma unidade militar dedicada a exterminar os vampiros no Japão. Muitos anos depois, agora membro do Exército Demoníaco Imperial Japonês, Yuuichirou está determinado a se vingar das criaturas que massacraram sua família, mas a que custo? Owari no Seraph é um anime shounen sobrenatural pós-apocalíptico que segue a busca de vingança de um jovem, enquanto luta por amizade e lealdade contra probabilidades aparentemente impossíveis.