A estudante média do ensino médio, Yuuko Konagai, tende a ser bastante tímida e socialmente desajeitada. Por isso, além de tirar notas medíocres, ela quase não tem amigos na turma. No entanto, depois de um dia monótono na escola, ela retorna ao seu tão esperado refúgio – casa com seus gatos Maa, Shi e Ro! Com suas personalidades únicas, os três possuem corpos semelhantes aos dos humanos, mantendo a capacidade de falar e se comunicar. Todos os dias, o adorável grupo espera o retorno de sua dona para regá-la com a tão necessária companhia. Nyanko Days destaca a vida de Yuuko e seus gatos enquanto eles alegram cada momento e fazem novos amigos com o passar dos dias.