Quinze anos após um evento cataclísmico conhecido como Segundo Impacto, o mundo enfrenta uma nova ameaça: monstruosos seres celestiais chamados “Anjos” invadem Tóquio-3 um por um. A humanidade é incapaz de se defender contra os Anjos, apesar de utilizar as suas munições e tácticas militares mais avançadas. A única esperança de salvação humana está nas mãos da NERV, uma misteriosa organização liderada pelo frio Gendou Ikari. A NERV opera robôs humanóides gigantes apelidados de "Evangelions" para combater os Anjos com armamento avançado de última geração e barreiras de proteção conhecidas como Campos de Terror Absolutos. Anos depois de ser abandonado pelo pai, Shinji Ikari, filho de 14 anos de Gendou, retorna a Tóquio-3. Shinji passa por uma batalha interna perpétua contra o trauma profundamente enterrado causado pela perda de sua mãe e pela negligência emocional que sofreu nas mãos de seu pai. Com medo de se abrir para outra pessoa, a vida de Shinji mudou para sempre ao conhecer Misato Katsuragi, de 29 anos, uma oficial de alto escalão da NERV que lhe mostra uma bondade maternal de espírito livre que ele nunca experimentou. Um devastador ataque de anjo força Shinji a entrar em ação enquanto Gendou revela seu verdadeiro motivo para convidar seu filho de volta para Tóquio-3: Shinji é a única criança capaz de pilotar com eficiência a Unidade Evangelion-01, um novo robô que sincroniza com sua biometria. Apesar do trauma psicológico brutal causado ao pilotar um Evangelion, Shinji defende Tóquio-3 contra a ameaça angelical, alheio às maquinações sombrias de seu pai.