Há muito tempo, todos os humanos viviam no fundo do mar. No entanto, algumas pessoas preferiram a superfície e abandonaram permanentemente a vida debaixo d'água. Como consequência, eles foram despojados de sua proteção dada por Deus, chamada "Ena", que lhes permitia respirar debaixo d'água. Com o tempo, o fosso entre os habitantes do mar e da superfície alargou-se, embora o contacto entre os dois povos ainda existisse. Nagi no Asu kara segue a história de Hikari Sakishima e Manaka Mukaido, junto com seus amigos de infância Chisaki Hiradaira e Kaname Isaki, que são forçados a deixar o mar e frequentar uma escola na superfície. Lá, o grupo também conhece Tsumugu Kihara, um colega estudante e pescador que adora o mar. As vidas de Hikari e dos seus amigos estão fadadas a mudar, pois têm de lidar com o ódio e a discriminação profundos entre as pessoas do mar e da superfície, as tempestades nas suas vidas pessoais, bem como uma tempestade iminente que pode significar a ruína. para todos os que habitam na superfície.