Manji é um espadachim infame no Japão feudal, conhecido como o "Assassino dos Cem Homens", pois matou cem homens inocentes. No entanto, há algo muito mais assustador do que a sua reputação sinistra: o facto de ele ser imortal. Este é o trabalho da freira Yaobikuni, de oitocentos anos, que colocou vermes capazes de curar quase qualquer ferida no corpo de Manji. Para expiar seus crimes, Manji resolve matar mil homens maus. Yaobikuni concorda com esta proposta, dizendo que se ele tiver sucesso, ela desfará sua maldição da imortalidade. Logo após esta promessa, Manji conhece Rin Asano, uma garota de 16 anos que pede a ajuda de Manji para matar aqueles que massacraram seus pais. Inicialmente relutante, Manji recusa o apelo desesperado de Rin. No entanto, devido à evidente falta de força dela, Manji muda de ideia e concorda em proteger Rin por quatro anos. Com esta parceria gravada em pedra, os dois embarcam numa perigosa jornada de derramamento de sangue, vingança e redenção, cada um para cumprir a causa da sua própria vida.