Em um futuro distante, a humanidade colonizou vários planetas, mas essas colônias são ameaçadas por uma raça alienígena chamada Victim. À medida que as colônias são destruídas, resta apenas um planeta chamado Zion. Para proteger Zion dos ataques dos Victms, é estabelecida uma escola de treinamento chamada GOA, que recruta jovens de diferentes colônias em Zion para se tornarem pilotos dos robôs de combate conhecidos como as Deusas, ou Ingrids. Os meninos que são selecionados para se tornarem pilotos das Ingrids devem ter um tipo sanguíneo raro chamado EO, além de possuírem uma habilidade especial chamada EX. Zero, também conhecido como candidato 88, chega à GOA e acidentalmente cai no cockpit da Ingrid chamada Eeva-Leena. Como a sincronização entre piloto e Ingrid é extremamente sensível, todos acreditam que Zero será morto na tentativa de sincronização. No entanto, contra todas as expectativas, Zero realiza uma sincronização completa com a Deusa. Antes que Zero possa entender completamente o que aconteceu, ele é submetido a um intenso treinamento de piloto. Durante esse processo, ele busca descobrir mais informações sobre o incidente e sua própria conexão com a Ingrid e as ameaças que assolam Zion.