Já se passou um século desde que a “verdadeira magia” – inicialmente considerada apenas folclore e lenda – se tornou uma tecnologia comum em todo o mundo. A Primeira Escola Secundária Afiliada à Universidade Nacional de Magia (First High), uma das nove academias de magia do Japão, admite dois irmãos habilidosos - Miyuki e Tatsuya Shiba - na academia. O First High divide seus alunos em duas turmas, Curso 1 e Curso 2, com base nas notas do vestibular. Isso causa um aparente desdém pelos alunos do Curso 2, pois são rotulados de "Ervas daninhas" pelos alunos do Curso 1, que alternativamente se autodenominam "Flores". Tatsuya é admitido no Curso 2, enquanto sua irmã Miyuki ingressa no Curso 1 como aluna honorária. Miyuki deseja mostrar ao First High que, apesar de seu irmão ser rotulado de inepto, ele está entre os melhores mágicos do mundo. Mahouka Koukou no Yuutousei reconta a história de Mahouka Koukou no Rettousei do ponto de vista de Miyuki e das outras personagens femininas.