O mundo dos Monstros de Duelo está evoluindo mais uma vez com o desenvolvimento de uma rede chamada Link Vrains e uma nova mecânica de invocação introduzida como Link Summoning. Ao usar este ciberespaço, os duelistas agora podem criar seus próprios avatares e duelar rumo à glória em uma realidade virtual. No entanto, tal como o mundo real, o mundo digital não está livre de guerras, conflitos e mistérios. Anos atrás, uma organização hacker conhecida como Cavaleiros de Hanói lançou um ataque a Link Vrains. Liderados pelo anônimo Revolver, seu objetivo era aniquilar o programa de inteligência artificial conhecido como Cyberse. Após uma tentativa fracassada, um de seus alvos, Ignis, conseguiu escapar e esconder o Cyberse em algum lugar da rede. Cinco anos depois, o estudante do ensino médio Yuusaku Fujiki encontra um estranho programa de inteligência artificial enquanto duela em Link Vrains. Sob o disfarce de seu avatar chamado Playmaker, Yuusaku e seu parceiro no crime, Shouichi Kusanagi, decidem unir forças com a existência peculiar. Enquanto procura a verdade por trás de um misterioso incidente do passado, Yuusaku luta contra os Cavaleiros de Hanói e a SOL Technologies em uma corrida que pode alterar o destino do mundo.