Na década de 1960, um jovem e talentoso estudante de medicina tenta fazer seu nome. Kuroo Hazama é um jovem reservado com cabelo preto e branco incomum, corpo coberto de cicatrizes e um passado sombrio. Apesar de ser apenas estudante de medicina, seu brilhantismo cirúrgico começa a chamar a atenção depois que ele completa uma operação aparentemente impossível. Junto com a espirituosa e honesta estagiária Maiko Okamoto e Yabu, um amigo próximo com uma vida conturbada, Hazama se dedica ao mundo da medicina. No entanto, seu caminho para se tornar um cirurgião respeitável é difícil, pois os tumultos estudantis, a guerra e a corrupção estão consumindo o Japão. Hazama rapidamente se vê envolvido em uma série de circunstâncias nefastas que desafiam sua integridade como pessoa e seu caminho para se tornar um cirurgião. Jovem Black Jacknarra a história de um homem capaz de realizar feitos médicos impensáveis ​​e a jornada que o leva a se tornar a lenda conhecida como Black Jack.