Quando o desaparecido Zero Kiryuu retorna à Cross Academy, Yuuki Cross fica aliviado ao vê-lo seguro, mas descobre que Zero mudou em mais de um aspecto. Como resultado das escolhas que fez, Zero é atormentado por visões e procura descobrir a razão por trás delas – sem saber que as respostas podem estar muito mais próximas do que ele pensa. Logo Yuuki também começa a ser atormentada por alucinações horríveis, e ela busca uma explicação sobre seu passado oculto com o único que pode fornecer clareza: o vampiro sangue puro Kaname Kuran, que está mais próximo de seu coração. Mas o que acontecerá quando a verdade for finalmente revelada?