Mikoto Misaka e seus amigos estão de volta, investigando rumores em Academy City. Logo, Mikoto descobre algo aterrorizante: experimentos horríveis estão acontecendo por toda a cidade, envolvendo o assassinato de milhares de espers. Além disso, esses espers estão longe de ser apenas pessoas comuns: são clones da própria Mikoto. Sentindo-se responsável pelo tratamento, ela decide pôr fim às experiências; no entanto, as forças que se opõem a ela são muito mais perigosas do que ela esperava, e Mikoto se depara com alguns dos espers mais poderosos que se possa imaginar. Toaru Kagaku no Railgun Scontinua a história do Canhão elétrico enquanto ela luta desesperadamente para pôr fim aos experimentos desumanos que ela acredita ter ajudado a causar, sua vida arrastada para um profundo desespero no processo. Nunca há um momento de tédio na Cidade Acadêmica, mas ninguém disse que todos eles seriam agradáveis.