Ittoki Sakuraba não consegue entender por que sua mãe, seu tio e seu amigo de infância, Kousetsu, parecem levar sua segurança tão a sério. Kousetsu o segue e observa constantemente sem se preocupar com sua privacidade, concentrando-se apenas em mantê-lo seguro a cada momento. Mas a perseguição consistente começa a fazer sentido quando um adorável estudante do segundo ano de sua escola, Satomi Tsubaki, convida Ittoki para sair. Embora inicialmente inocente, as verdadeiras intenções de Tsubaki logo se tornam aparentes quando Ittoki visita sua casa; ela planeja assassiná-lo e não está sozinha. Surpreendentemente, aqueles que vêm em seu auxílio são seu tio e Kousetsu – vestindo seus trajes ninja escuros e mortais. Depois que Ittoki é escoltado para um local seguro, sua mãe revela a verdade: ele é o 19º herdeiro de um nobre clã de ninjas conhecido como Iga, e alvo de assassinato por seu clã rival, o Koga. Para se proteger contra esta nova ameaça, Ittoki deve aprimorar suas habilidades na única academia ninja que resta no Japão: a Academia Ninja Kokuten.