Milhares de anos atrás, o antigo dragão Bahamut causou estragos na terra de Mistarcia, um mundo onde deuses e demônios vivem entre a humanidade. Trabalhando juntas para evitar a destruição do mundo, as divindades rivais mal conseguiram selar Bahamut, concordando em dividir a chave entre elas para que o dragão permanecesse eternamente preso. Com o mundo a salvo da destruição de Bahamut, tudo continua normal para caçadores de recompensas como Favaro Leone. Vivendo um estilo de vida descontraído e egoísta, o amoral Favaro trabalha enquanto foge do colega caçador de recompensas Kaisar Lidfard, um homem justo que jura vingança contra Favaro. No entanto, a vida despreocupada de Favaro vira um caos quando ele conhece Amira, uma mulher misteriosa que detém metade da chave para a frágil paz do mundo. Shingeki no Bahamut: Genesis conta a história de um grupo de heróis improváveis ​​que se vêem presos no meio de um confronto épico entre deuses e demônios, forçados a abrir seu próprio caminho diante da tempestade iminente.