No caminho para a escola, Hiiro Ryuugasaki ouve uma voz estranha vindo de seu galpão. Ao vasculhar o local, ele descobre um smartphone com o popular jogo de cartas digital “Shadowverse” já instalado. Supondo que seu avô finalmente decidiu comprar um smartphone para ele após inúmeros pedidos, Hiiro não encontra nada de errado. Mais tarde naquele dia, Hiiro recebe notícias preocupantes sobre sua colega de classe, Mimori Amamiya. Ela perdeu como mais uma vítima para Takuma Kibakura, um colega jogador de Shadowverse que intimida seus oponentes ao confiscar seus telefones depois de derrotá-los na batalha. Determinado a recuperar o smartphone de Mimori, Hiiro entra em um mundo novo e emocionante, repleto de partidas intensas e adversários ferozes do Shadowverse – incluindo a formidável Lucia Yonazuki.