Com sua paisagem deslumbrante e seu povo próspero, o Grande Japão causa inveja em todas as outras nações. Mas uma séria ameaça paira sobre o país. Guardiões misteriosos conhecidos como Mestre Samurai são a única defesa do Grande Japão. A pedido do conselho estudantil, o jovem samurai Muneakira Yagyuu chega à Escola Acadêmica Buou. Administrado pelo Xogunato Tokugawa, aqui os filhos dos guerreiros recebem a educação aristocrática necessária para governar o país. A escola é liderada pelo presidente do conselho estudantil, Yoshihiko Tokugawa, e sua irmã Sen, que também é amiga de infância de Muneakira. Ao chegar na academia, Muneakira se vê no meio de uma terrível luta. Durante o caos, o céu se enche de uma luz branca peculiar e uma garota misteriosa chamada Juubei Yagyuu aparece e de repente beija Muneakira. Com seu beijo, ela desperta um poder desconhecido que os protege. Quem é essa garota e de onde ela veio? Muneakira se vê enredado no destino do país e em uma ameaça que abalará profundamente o Grande Japão. Ele deve aprender o segredo por trás do Mestre Samurai e do beijo que despertou o poder de Juubei para proteger seu país.