Fuu Kasumi é uma garçonete jovem e desajeitada que passa os dias trabalhando pacificamente em uma pequena casa de chá. Isto é, até que ela acidentalmente derrame uma bebida em um de seus clientes! Com um grupo de samurais a assediando incessantemente, Fuu chama desesperadamente outro samurai na loja, Mugen, que rapidamente os derrota com sua técnica de luta selvagem, utilizando movimentos que lembram o breakdance. Infelizmente, Mugen decide brigar com o relutante ronin Jin, que exerce um estilo de luta de espadas mais preciso e tradicional, e este último prova ser um oponente formidável. O único problema é que acabam destruindo a loja inteira e matando acidentalmente o filho do magistrado local. Por seu crime, os dois samurais são capturados e prestes a serem executados. Porém, eles são resgatados por Fuu, que contrata a dupla como seus guarda-costas. Embora ela não tenha mais para onde voltar, a ex-garçonete deseja encontrar um certo samurai que cheire a girassóis e pede a ajuda da dupla agora exonerada para fazê-lo. Apesar de inicialmente desaprovarem a ideia, os dois eventualmente concordam em ajudar a garota em sua busca; assim, o trio embarca em uma aventura para encontrar esse misterioso guerreiro - isto é, se Fuu conseguir evitar que Mugen e Jin se matem. Ambientado em um Período Edo alternativo no Japão, Samurai Champloo segue a jornada desses três indivíduos excêntricos em uma jornada épica cheia de ação, comédia e luta de espadas dinâmica, tudo ao ritmo de uma trilha sonora única com infusão de hip-hop.