Saikin, Imouto no Yousu ga Chotto Okashiinda ga. segue uma família que está começando a se reconstruir. Quando se casam, o Sr. e a Sra. Kanzaki trazem um filho e uma filha adolescentes para passear. Mas o calouro do ensino médio, Mitsuki Kanzaki, não está nada entusiasmado. Dolorida por uma história de figuras paternas ausentes e abusivas, ela demora a aceitar o padrasto e o meio-irmão. Mas depois que um acidente leva Mitsuki ao hospital, ela se vê possuída pelo fantasma de Hiyori Kotobuki, uma garota de sua idade que estava profundamente apaixonada pelo meio-irmão de Mitsuki, Yuuya. Hiyori não pode passar para sua recompensa final por causa de seu amor não correspondido por Yuuya, o que significa que ela tem que consumar isso... no corpo de Mitsuki?! Agora, a vida de Mitsuki depende de levar Hiyori para o céu. Mas será que ela se acostumará a se compartilhar com um fantasma agressivo e amoroso? Ela conseguirá superar a desconfiança em sua nova família? Ela conseguirá satisfazer os sentimentos de Hiyori por Yuuya? E ela poderia estar escondendo alguns sentimentos próprios?