No final do século XIX, à medida que os tempos cruéis do período Bakumatsu chegavam ao fim, uma nova era Meiji marcou a era da restauração para o Japão. Com o fim da guerra, seu infame herói Hitokiri Battousai desapareceu no ar, deixando apenas sua lenda para trás. Anos mais tarde, um andarilho aparentemente comum chamado Kenshin Himura encontra Kaoru Kamiya, o dono de um dojo local em dificuldades em Tóquio. Kaoru persegue um autoproclamado Battousai que vaga pelas ruas, matando indiscriminadamente cidadãos e policiais. Além disso, o guerreiro professa usar o Kamiya Kasshin-ryu – um estilo de espada desenvolvido pelo pai de Kaoru profundamente enraizado na essência da vida, não na morte. Kenshin decide ajudar Kaoru a derrubar o impostor e restaurar o dojo de seu pai. Sem o conhecimento de todos, Kenshin não é outro senão o verdadeiro guerreiro cujo nome ainda aterroriza o povo. Embora Kaoru eventualmente descubra a verdade, seu juramento de expiar sua história assassina, protegendo sem derramamento de sangue os fracos, a move, e ela dá as boas-vindas a Kenshin para ficar em seu dojo. No entanto, os ideais de Kenshin logo são desafiados por fantasmas do passado e inimigos do presente.