Um ano e meio após os acontecimentos do thriller psicológico de ficção científica original, Akane Tsunemori continua seu trabalho como inspetora – fazendo cumprir os julgamentos do Sistema Sibila. Juntando-se a ela estão os novos executores e a inspetora júnior Mika Shimotsuki, uma jovem cega e inflexivelmente leal a Sibyl. Enquanto Akane pondera sobre a natureza do seu trabalho e a legitimidade dos veredictos de Sibyl, surge uma nova ameaça perturbadora. Uma figura misteriosa descobriu uma forma de controlar o Coeficiente de Crime – um número compilado a partir de exames mentais que permite a Sibyl avaliar a saúde psicológica e identificar potenciais criminosos. Através desses meios, ele consegue assassinar um executor, deixando para trás uma pista enigmática: "WC?" rabiscado com sangue na parede. Akane e o resto da Divisão 01 logo se veem jogando um jogo mortal contra seu novo inimigo, ficando cara a cara com uma conspiração que ameaça não apenas a autoridade do Sistema Sibila, mas também os próprios alicerces das próprias convicções de Akane.