Há muitos anos, após o fim de uma guerra mundial sangrenta, a humanidade abrigou-se em seis cidades-estado que eram pacíficas e perfeitas... pelo menos na superfície. No entanto, Shion – um residente de elite da cidade-estado nº 6 – ganhou uma nova perspectiva sobre o mundo em que vive, graças a um encontro casual com um garoto misterioso, Nezumi. Nezumi acabou sendo apenas um dos muitos que viviam no deserto desolado além dos muros da suposta utopia. Mas apesar de saber que o outro garoto era um fugitivo, Shion decidiu acolhê-lo durante a noite e protegê-lo, o que resultou em consequências drásticas: por causa de suas ações, Shion e sua mãe perderam seu status de elite e foram realocados em outro lugar, e o lado mais sombrio da cidade começou a se dar a conhecer. Agora, muito tempo depois de seu primeiro encontro que mudou suas vidas, Shion e Nezumi estão finalmente reunidos mais uma vez - a antiga elite e o garoto em fuga estão prestes a embarcar em uma aventura que irá, com o tempo, revelar os segredos devastadores de Nº 6.