O mundo foi engolido por uma guerra desesperada de três décadas contra o BETA – uma espécie alienígena que invadiu o planeta em 1973. Em meio a esse caos, um estudante do ensino médio chamado Takeru Shirogane de repente acorda de um pesadelo terrível onde vê humanidade em completa derrota. Logo depois, ele percebe que seu sonho nada mais era do que as lembranças de sua vida em um universo alternativo. Nessas memórias, o projeto Alternativa V é implementado, enviando centenas de milhares de pessoas ao espaço como último recurso para preservar a humanidade, enquanto deixa o bilhão restante na Terra sofrer um destino cruel. Ansiando por mudar esse futuro sombrio, Takeru se junta a uma base militar em Yokohama, que por acaso é sua antiga escola. Lá, ele consegue convencer o vice-comandante da base e líder do projeto Alternativa IV, Professora Yuuko Kouzuki, a impedir que a Alternativa V aconteça. Para garantir o sucesso da Alternativa IV, Takeru deve pilotar as gigantescas máquinas humanóides Tactical Surface Fighters (TSF) ao lado de seus colegas cadetes. No entanto, ele tem apenas dois meses para completar a sua formação e explorar o seu conhecimento parcial do futuro – para que a tragédia que se segue não aconteça.