No alvorecer do século 21, a magia, há muito considerada folclore e contos de fadas, tornou-se uma tecnologia sistematizada e é ensinada como uma habilidade técnica. No First High School, instituição para mágicos, os alunos são segregados em dois grupos com base nas notas do vestibular: os “Blooms”, aqueles que recebem notas altas, são encaminhados para o Primeiro Curso, enquanto os “Weeds” são alunos reservas designados para o Primeiro Curso. Segundo curso. Mahouka Koukou no Rettouseisegue os irmãos, Tatsuya e Miyuki Shiba, que estão matriculados na Primeira Escola Secundária. Ao fazer o exame, o prodigioso Miyuki é colocado no Primeiro Curso, enquanto Tatsuya é rebaixado para o Segundo Curso. Embora suas pontuações em testes práticos e seu status como "Weed" mostrem que ele é magicamente inepto, ele possui conhecimento técnico extraordinário, capacidades de combate físico e técnicas mágicas únicas - tornando Tatsuya o irregular em uma escola mágica.