Em 2008, o governo japonês começou a caçar pessoas que se identificam como otaku, num esforço para proteger a cultura do país. Em apenas uma semana, a agência de fiscalização conhecida como SSC capturou quase todos os otaku à força e confiscou suas recordações. Um homem apaixonado que se autodenomina Otaku Hero se recusa a permitir que esta agência faça o que bem entende: ele levanta um exército de resistência composto por outros geeks deslocados que se unem para ajudar a defender sua cultura. Três anos depois, o fogo da rebelião diminui enquanto toda a esperança parece perdida para os otakus. Estimulado por sua aliada - a garota mágica Anarchy - Otaku Hero comanda a resistência em um esforço para reunir Anarchy com as outras duas garotas mágicas: Blue e Pink. Ao combinar o poder deste trio, a resistência poderá derrotar o SSC e salvar a cultura otaku para todos.