Depois de uma ousada fuga do Museu da Memória, Sayaka Miki retorna à cidade de Mitakihara com notícias perturbadoras. Perturbada com o que aprendeu, Sayaka revela a Madoka Kaname e Homura Akemi o paradeiro de Mami Tomoe – mas mais importante ainda – a verdade perturbadora por trás da existência de garotas mágicas. Apesar de saberem do destino cruel que os aguarda, os três rapidamente resolvem trabalhar juntos e salvar Mami de uma vez por todas. Enquanto isso, na cidade de Kamihama, Yachiyo Nanami caça vários "rumores" em busca do Hotel Fendt Hope, sede dos Wings of Magius. A organização de garotas mágicas é a única pista de Yachiyo para encontrar Iroha Tamaki, cujo desaparecimento permanece envolto em incertezas. Determinado a reunir o Time Mikazuki Villa, Yachiyo jura destruir os Wings of Magius e acabar com seus planos insidiosos. Em meio às situações turbulentas, uma ameaça calamitosa se aproxima, apresentando um conflito terrível que colocará em risco o mundo inteiro.