Anos atrás, a humanidade quase foi exterminada por enormes insetos mágicos blindados que se tornaram fortes e agressivos demais para serem manuseados. Por causa desses insetos gigantes, os humanos não vivem mais na terra, mas sim em cidades flutuantes. No entanto, isso não significa que tudo esteja perdido, porque os magos das prestigiosas academias flutuantes de bruxos estão lutando contra esses monstros. Kanata Age é um jovem agora rotulado como traidor, embora já tenha sido elogiado como o "Mestre Espadachim Negro". Ele tem a chance de reparar sua reputação instruindo a equipe E601, que parece estar enfrentando algumas dificuldades. É composto por três meninas, Misora ​​Whitale, Lecty Eisenach e Rico Flamel, cada uma com seus próprios problemas. Parece que Kanata entrará em águas profundas mais de uma vez por causa deles...