Durante o início do século 21, o Instituto de Pesquisa Kurobe das Nações Unidas foi estabelecido no Japão para investigar um artefato antigo, que foi descoberto durante a construção da Barragem Kurobe. Cientistas de todo o mundo se reuniram nas instalações para estudar o objeto, enquanto seus filhos aproveitam a vida cotidiana frequentando a Mt. Tate International Senior High School. Yukina Shirahane, uma estudante reservada do ensino médio, é filha do cientista-chefe da instalação. Ao visitar sua mãe nas instalações, Yukina consegue resolver parte do quebra-cabeça do artefato. Para sua surpresa, o que aparece diante dela é Kennosuke Tokisada Ouma, um jovem samurai da era Sengoku. À medida que uma ameaça vinda do espaço sideral se aproxima, Yukina, junto com Kennosuke, se vê defendendo a Terra contra as forças invasoras. Ao longo do caminho, ela descobre o mistério por trás de Kennosuke e a razão pela qual ele está determinado a protegê-la.