Nos últimos três anos, a Teikou Middle School dominou o cenário nacional do basquete com sua formação lendária: a “Geração dos Milagres”. Consistia em cinco prodígios que se destacaram no esporte, mas um "Sexto Homem Fantasma" espreitava nas sombras e ajudou a dar ao time seu status reverenciado. Eventualmente, seu crescimento monstruoso os afastou do esporte que amavam e os fez seguir caminhos separados no ensino médio. Em busca de novos membros, o time de basquete da Seirin High School recruta Taiga Kagami e Tetsuya Kuroko, dois calouros que parecem ter diferenças significativas em habilidades. Tendo retornado recentemente da América, Kagami tem uma aptidão natural e um amor incansável pelo esporte. Enquanto isso, Kuroko carece de presença e não exibe nenhum talento atlético notável. No entanto, mais tarde é revelado que ele é o Sexto Homem Fantasma de Teikou - o jogador que já fez parte da Geração dos Milagres. Kuroko quer provar à equipe Seirin que é forte à sua maneira. Vendo sua convicção, Kagami forma uma parceria dinâmica com Kuroko, este último prometendo apoiar a "luz" de Kagami como sua "sombra". Ao lado de seus novos companheiros de equipe Seirin, eles pretendem conquistar o próximo campeonato Interhigh, mas o reaparecimento dos ex-companheiros de equipe de Kuroko complica seu plano.