Gen Kudou, um fabricante de koto, acredita que seu neto delinquente Chika nunca compreenderia a profundidade do instrumento musical tradicional. Na tentativa de compensar sua ingenuidade e entender as palavras de seu falecido avô, Chika tenta ingressar no Tokise High School Koto Club. Mesmo que o clube precise urgentemente de sócios, o novo presidente do clube, Takezou Kurata, não está disposto a aceitar facilmente a candidatura de Chika devido à sua má reputação. Mesmo assim, depois de ver a seriedade e o entusiasmo de Chika, Takezou permite que a criança problemática se junte, junto com o prodígio koto Satowa Houzuki e três amigos enérgicos de Chika. Kono Oto Tomare! acompanha o alegre grupo de músicos que aspiram a tocar na competição nacional.