Numa sociedade futurista, o Japão implementou um sistema complexo conhecido como “Os Fios Vermelhos da Ciência” para encorajar casamentos bem sucedidos e combater taxas de natalidade cada vez mais baixas. Com base num cálculo de compatibilidade, o governo atribui aos jovens com 16 anos de idade parceiros de casamento, com graves repercussões para aqueles que desobedecem ao acordo. Para Yukari Nejima, um adolescente que se considera mediano em todos os sentidos, esse sistema pode ser sua melhor chance de viver uma vida plena. No entanto, estimulado por sua paixão por sua colega de classe e paixão de longa data, Misaki Takasaki, Yukari desafia o sistema e confessa seu amor. Após alguma relutância inicial, Misaki retribui seus sentimentos em um momento de paixão. Infelizmente, antes que os dois possam continuar o relacionamento, Yukari recebe a notificação de casamento. Ele é então jogado em uma confusa teia de amor e mentiras quando sua parceira nada entusiasmada, Ririna Sanada, fica fascinada com seu romance ilícito.