Katsuhira Agata é um adolescente quieto e reservado cuja sensação de dor praticamente desapareceu. Seu amigo, Chidori Takashiro, só consegue se lembrar vagamente dos dias anteriores a Katsuhira ter passado por essa mudança profunda. Agora, seu comportamento abafado e complacente faz de Katsuhira um alvo constante de agressores, que o exploram por somas flagrantes de dinheiro. Mas seus punhos apenas conseguem fazê-lo piscar, já que até as emoções estão longe de seu alcance. No entanto, um dia Katsuhira, Chidori e quatro outros adolescentes são sequestrados e forçados a ingressar no Sistema Kizuna como "Kiznaivers" oficiais. Os participantes estão conectados pela dor: se um membro for ferido, os outros sentirão igual agonia. Estes indivíduos devem tornar-se ratos de laboratório e bodes expiatórios de um sistema incompleto concebido tendo em mente a paz mundial. Com seus destinos literalmente interligados, os Kiznaivers devem expor seu verdadeiro eu uns aos outros, ou correm o risco de falhar muito mais do que apenas o Sistema Kizuna.