Após o assassinato de seu pai, Ryuuko Matoi tem vagado pela terra em busca de seu assassino. Seguindo sua única pista – a metade que faltava de sua invenção, a Lâmina de Tesoura – ela chega à prestigiada Academia Honnouji, uma escola diferente de qualquer outra. A academia é governada pela imponente e insensível presidente do conselho estudantil, Satsuki Kiryuuin, ao lado de seus poderosos subordinados, a Elite Four. Na hierarquia brutalmente competitiva da escola, Satsuki concede aos que estão no topo roupas especiais chamadas "Uniformes Goku", que concedem ao usuário habilidades sobre-humanas únicas. Completamente espancada em uma luta contra um dos estudantes uniformizados, Ryuuko se retira para sua casa arrasada, onde se depara com Senketsu, um raro e senciente "Kamui", ou Roupas de Deus. Depois de entrar em contato com o sangue de Ryuuko, Senketsu desperta, agarrando-se a ela e proporcionando-lhe imenso poder. Agora, armada com Senketsu e a Lâmina de Tesoura, Ryuuko se posiciona contra a Elite Four, na esperança de alcançar Satsuki e descobrir o culpado pelo assassinato de seu pai de uma vez por todas.