Com os mares sob constante ameaça da hostil “Frota Abissal”, uma base naval especializada é estabelecida para combatê-los. Em vez de armamento naval padrão, no entanto, a base está armada com "Kanmusu" - garotas que abrigam os espíritos dos navios de guerra japoneses - possuindo a habilidade de vestir equipamentos armados que lhes permitem controlar as almas poderosas dentro de si. Fubuki, um jovem Kanmusu do tipo Destruidor, junta-se à base como um novo recruta; infelizmente para ela, apesar de sua inexperiência e natureza tímida, ela é designada para o famoso Terceiro Esquadrão de Torpedos e rapidamente lançada no calor da batalha. Quando ela é resgatada da quase aniquilação, o navio de guerra novato resolve se tornar tão forte quanto aquele que a salvou.