Kannazuki no Miko começa na vila de Mahoroba, onde o tempo passa lentamente tanto para o homem quanto para a natureza. Dois estudantes da prestigiada Academia Ototachibana da vila poderiam muito bem estar noite e dia. Himeko é tímida e pouco assertiva, enquanto Chikane é ousada e elegante. Apesar disso, eles se amam e nada pode se interpor entre eles, por mais que tentem. No aniversário compartilhado das duas garotas, uma voz sinistra corrompe uma de suas amigas para atacá-las, e justamente quando parecia mais sombrio, os poderes lunares e solares da sacerdotisa que estavam adormecidos nas duas garotas despertam, dissipando o mal. Esse foi apenas o primeiro obstáculo, no entanto. Os dois devem agora afastar inúmeras outras pessoas que ameaçariam o seu bem-estar – até mesmo as pessoas mais próximas a eles!