Monstros grotescos, semelhantes ao Godzilla e conhecidos como "kaijuu", têm surgido pelo Japão durante vários anos. Para lutar contra essas feras, uma unidade militar de elite, denominada Corpo de Defesa, arrisca suas vidas todos os dias para proteger a população civil. Após a morte de uma criatura, os "varredores", empregados pela Corporação Profissional de Limpeza de Kaijuu, são responsáveis por eliminar seus restos mortais. Kafka Hibino, um homem de 32 anos, não está satisfeito com seu trabalho como varredor. Desde jovem, ele sonha em se juntar ao Corpo de Defesa e viver para matar kaijuus. No entanto, após algumas tentativas frustradas, ele desiste de seus sonhos e se conforma com uma vida de mediocridade, que ao menos lhe garante um bom salário. Contudo, a chegada de um jovem recruta ambicioso de 18 anos, Leno Ichikawa, em sua equipe de limpeza faz Kafka reacender seu desejo de entrar para o militar. Após uma série de eventos infelizes e um encontro com o varredor mais novo, Kafka tem um encontro com um kaijuu parasita que entra em seu corpo pela boca, transformando-o em um monstro humanoide. Com seus novos poderes, Kafka decide dar mais uma chance ao seu sonho de vida.