No lado leste do distrito de Shinjuku fica Kabukichou, uma cidade vibrante e caótica que brilha intensamente com luzes de néon, mas também esconde uma escuridão invisível. Empregado em um hospital universitário na zona oeste, John H. Watson está procurando alguém que possa ajudá-lo em um caso estranho. Sua busca o leva ao Pipe Cat, um bar underground que serve como local de encontro e quadro de empregos para alguns dos melhores detetives de Shinjuku, sendo o mais proeminente deles Sherlock Holmes. Ao encontrar o bar e conhecer os peculiares investigadores, John descobre que eles estão investigando um caso envolvendo Jack, o Estripador, um infame serial killer. Devido aos acontecimentos subsequentes, John acaba levando Sherlock à cena do crime de um assassinato supostamente cometido por Jack, o Estripador. Mesmo que John esteja lá apenas para conseguir a ajuda de Sherlock em seu caso, ele testemunha Sherlock descobrir de forma brilhante a verdade por trás da cena do crime. No entanto, ele começa a perceber que Sherlock não é apenas um detetive genial, mas também um personagem excêntrico. À medida que John continua a solicitar que Sherlock o ajude em seu caso, ele se vê mergulhado no estilo de vida de detetive de resolver casos que vão além da mente dos civis comuns. Através deste trabalho, John começa a ver as verdadeiras cores da cidade caótica que é Kabukichou e começa a desvendar o mistério perturbador por trás de seu próprio caso.